医院是国家中医临床研究基地建设单位，拥有一批高水平的临床专科、学科和研究室。目前建设有脑病科、肝病科、心血管病科、儿科、脾胃病科5个国家临床重点专科（中医）；脾胃病、肾病科、耳鼻喉科、针灸科、推拿科5个国家中医重点专科建设单位；有重症医学科、护理学科2个国家中医重点专科培育单位。

有儿科1个国家中医药管理局区域中医（专科）诊疗中心培育项目；有脑病科1个国家重大疑难疾病中西医临床协作试点单位；有推拿学、中医儿科学、中医急诊学、中医耳鼻喉科学、中西医结合临床医学5个国家中医药管理局中医药重点学科建设单位；有中医传染病学1个国家中医药管理局中医药重点学科培育单位；有慢性重型肝炎解毒化瘀重点研究室和扶阳学术流派重点研究室2个国家中医药管理局重点研究室。

有扶阳学术流派和黄氏壮医针灸学术流派2个国家中管局中医学术流派；有2个全国名中医工作室、10个全国名老中医学术传承工作室及22个广西名中医学术传承工作室。医院还拥有一批区（省）级重点专科、学科和诊疗中心。在临床各科常见病、多发病及疑难危重病诊治方面，形成了鲜明的中医、民族医和中西医结合特色诊疗优势。